A. 补充养老保险税前扣除比例
【法律分析】：补充养老保险根据工资总额5%来扣除。补充养老保险的税前比例如下：1、在企业任职或者受雇全体员工支付的补充养老保险费、别在不超过职工工资总额5%标准，在计算应纳税所得额时准予扣除，超过的部分不予扣除；2、实际支付出去才考虑税前扣除；3、计算5%扣除额的基数应该是享受人群的工资总额。
【法律依据】：《中华人民共和国社会保险法》 第十六条 参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金。参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费不足十五年的，可以缴费至满十五年，按月领取基本养老金；也可以转入新型农村社会养老保险或者城镇居民社会养老保险，按照国务院规定享受相应的养老保险待遇。
B. 企业缴纳的补充医疗保险、补充养老保险所得税前扣除按工资总额的5%是怎么扣
不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
根据《个体工商户个人所得税计税办法》：
第二十二条 个体工商户按照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为其业主和从业人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、生育保险费、工伤保险费和住房公积金，准予扣除。
体工商户为从业人员缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
个体工商户业主本人缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，以当地（地级市）上年度社会平均工资的3倍为计算基数，分别在不超过该计算基数5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
C. 关于补充养老保险如何缴纳个人所得税的问题
关于补充养老保险如何缴纳个人所得税的问题：补缴的基本养老金不需要扣税。
参考文件：根据回国答税函[1999]615号，企业发放给离退休人员的补充养老保险金，根据现行个人所得税法和《财政部、国家税务总局关于住房公积金、医疗保险金、养老保险金征收个人所得税问题的通知》（财税字[1997]144号）的规定，离退休人员取得的该笔所得，应单独作为一个月的工资、薪金收入，按税法规定计征个人所得税。