① 我司为部分员工缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，可以按照规定计算扣除限额在企业所得税前扣除吗
不可以的
按照《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定，“企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”
因此，企业为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在上述政策计算的限额内可以税前扣除，为部分员工支付的补充养老保险费和补充医疗保险费不得从税前扣除。
② 养老金交多少税
个人养老金制度和基本养老保险不同，基本养老保险由国家强制实施，个人养老金由个人自愿参加。与企业年金、职业年金由用人单位及其职工建立、共同缴费不同，个人养老金只由个人缴费。总体上看，个人养老金制度属于政府政策支持、个人自愿参加、市场化运营的补充养老保险制度。
个人养老金可在核算个人所得税时作为扣除项在税前扣除。目前常出现的扣除项目包括减除费用（6万元/年）、专项扣除（社保公积金）、专项附加扣除（子女教育、大病医疗、房贷房租等）。按照《关于个人养老金有关个人所得税政策的公告》的规定，个人养老金可以在税前按照实际缴存金额扣除，每年扣除的限额是1.2万元。
举例来说：假设个人年收入30万元，全年缴纳社保公积金6万元，按每年1.2万元的限额交个人养老金。那么，在未缴存个人养老金之前，其年度应缴纳的个税为：（30万-6万-6万）×20%-16920元=19080元；缴存后，应缴纳个税是（30万-6万-6万-1.2万）×20%-16920=16680元，年度内节税2400元。
以上举例的个人收入金额适用的是20%税率，由于我国个人所得税制采取的是七级超额累计税率，针对不同收入人群，具体节税金额不同。对于不同税率的人群，收入越高的人群使用的税率越高，个人养老金节税的金额就越高。比如，应纳税所得额在96万元以上的人群，节税额度最高，年度内节省5400元。再比如，年收入在6万元至9.6万元间的人群，个人养老金无论是否缴存，都是适用3%的税率，在不考虑时间价值的前提下，税优政策不具备吸引力。而年收入6万元以下的人群本来就免征个人所得税，本可免税的这部分收入在缴存个人养老金后再提取时反而需要缴纳3%的个税。