A. 企业发放补充养老保险金是否需要缴纳个人所得税
单位代扣的补充养老保险按照文件规定交的不用交个人所得税，超过比例部分交个税。可以参见《国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复》
一下是文件全文，您可以不用再去查文件：
国家税务总局关于企业发放补充养老保险金征收个人所得税问题的批复
（国税函〔1999〕615号）
吉林省地方税务局《关于邮电系统发放职工补充养老保险金征收个人所得税的请示》收悉，经研究，现批复如下：
你省邮电系统将1998年实行工效挂钩以来形成的结余工资，以每人3000元的标准发放给在职工及离退休人员，作为补充养老基金。根据现行个人所得税法和《财政部、国家税务总局关于住房公积金、医疗保险金、养老保险金征收个人所得税问题的通知》（财税字〔1997〕144号）的规定，职工取得的该笔所得应按照“工资、薪金所得”应税项目计算缴纳个人所得税。具体征税办法为：
一、对在职职工取得的该笔所得，应全额计入发放当月个人的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。
二、对离退休职工取得的该笔所得，应单独作为一个月的工资、薪金收入，按税法规定计征个人所得税。
1999年9月16日
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B. 企业缴纳的补充医疗保险、补充养老保险所得税前扣除按工资总额的5%是怎么扣
不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
根据《个体工商户个人所得税计税办法》：
第二十二条 个体工商户按照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为其业主和从业人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、生育保险费、工伤保险费和住房公积金，准予扣除。
体工商户为从业人员缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
个体工商户业主本人缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，以当地（地级市）上年度社会平均工资的3倍为计算基数，分别在不超过该计算基数5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
C. 补充养老保险 纳税
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对于企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费（企业年金）、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予在企业所得税税前扣除。
自2014年1月1日起，对于企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费（企业年金）以及职工缴付的年金，涉及的个人所得税处理规定如下：
1.企业根据国家有关政策规定的办法和标准，为职工支付的补充养老保险费，在计入个人账户时，个人暂不缴纳个人所得税；
2.个人根据国家有关政策规定支付的补充养老保险费，在不超过本人缴费工资计税基数的4%标准内的部分，暂从个人当期的应纳税所得额中扣除；
3.超过上述1、2规定的标准支付的单位、个人部分，应并入个人当期的工资、薪金所得，交纳个人所得税。
个人达到国家规定的退休年龄，按月领取的年金，全额按照工资、薪金所得，交纳个人所得税。
对于补充医疗保险，并入个人当期的工资、薪金所得，交纳个人所得税。
D. 企业为员工缴纳的补充养老保险缴纳个人所得税吗
要交。
《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
所以不是基本的不能扣除。
《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。所以，企业为个人缴纳的补充医疗保险超过职工工资总额5%标准的部分，不得税前扣除。
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号）规定，企事业单位按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税。个人按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。就是说，企事业单位按照国家或省级人民政府规定的缴费比例或办法，实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费和住房公积金，免征个人所得税。而财税〔2006〕10号文件中的免税项目，不包括补充医疗保险。因此，企业为职工支付的补充医疗保险应当征收个人所得税。
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E. 我司为部分员工缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，可以按照规定计算扣除限额在企业所得税前扣除吗
不可以的
按照《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定，“企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”
因此，企业为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在上述政策计算的限额内可以税前扣除，为部分员工支付的补充养老保险费和补充医疗保险费不得从税前扣除。
F. 为退休人员支付的补充保险能否在税前扣除
根据《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2009〕27号）规定：“自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。”
因退休人员不属于文件规定的在本企业任职或者受雇的员工，所以企业支付的这部分费用不能在企业所得税前扣除。
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G. 企业所得税汇算清缴时补充养老保险是指什么
企业所得税汇算清缴时补充养老保险是指：个别企业为职工缴纳专的补充养老保险。
一、尽属管累计缴费年限在10年或15年以上，并且达到法定退休年龄的，就能够享受养老金待遇，但是缴费年限越长，缴费金额越多，今后的养老金也就越多，反之则少。
二、社会保险是国家强制性要求购买的一种保险，国家发展社会保险事业，建立社会保险制度，建立社会保险基金，目的使劳动者在年老、患病工伤、失业、生育等情况下，获得帮助，享受保险待遇。我国《劳动法》《社会保险法》都明文规定，用人单位为劳动者缴纳社会保险是用人单位的法定义务，明显具有国家强制性的特点，用人单位不得以任何借口和理由拒绝承担该项法定义务。
H. 补充养老保险所得税
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根据《财政部国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。